به عمل آمده و ايشان در حرم حضرت معصومه عليها السلام دفن شده‌اند . در مورد محل دفن استاد علامه ، جريان عجيبى را حجت‌الاسلام والمسلمين جناب شيخ محمدحسين اشعرى - از علماى معروف قمى و از ياران امام خمينى ( ره ) - در ماه شعبان 1426 ه - شهريور 1384 - در مكه مكرّمه بيان و نقل كرده است كه برادر عزيز پژوهش‌گر و مورّخ معاصر جناب آقاى رسول جعفريان آن را از قول ايشان ، تحرير و در يكى از مقالات خود آورده است . خلاصهء آن داستان عجيب چنين است : « . . . علامه طباطبايى در اواخر بيمارى در بيمارستان آيت‌اللَّه گلپايگانى بسترى شد . من سه شبانه روز اكثر اوقات آن‌جا بودم و ايشان در حالت اغماء بود . روزى دكتر منافى وزير بهدارى وقت آمد به بيمارستان براى ملاقات با ايشان . وقتى وضع را ديد ، تلفن كرد كه هلىكوپتر بفرستند تا ايشان را به تهران منتقل كنيم . من مخالفت كردم ، اما قبول نكرد . همان وقت آيت‌اللَّه گلپايگانى آمد كه ديد ايشان در حال اغماء است . اين مسأله را با ايشان مطرح كردم و به ايشان گفتم : شما امر كنيد دكتر منافى اين كار را نكند . ايشان دكتر منافى را صدا زد و از او خواست تا عصر صبر كنند . اگر مىشود او را منتقل كرد ، آن وقت منتقل كنيد . ولى متأسفانه يكى دو ساعت بعد درگذشتند . من تلفنى فوت ايشان را به دفتر امام خمينى اطلاع دادم . امام فرمودند : دربارهء قبر ايشان هر كجا را صلاح مىدانيد اقدام كنيد . به آقاى مولايى « 1 » هم دستور خواهيم داد .

--> ( 1 ) . حجت‌الاسلام والمسلمين جناب آقاى مولايى رحمه الله در آن ايام توليت آستانه مقدسه حضرت معصومه عليها السلام را به عهده داشت .